Face à cet accord, l'association craint l'arrêt de toutes recherches ou expérimentations d'alternatives aux logiciels de Microsoft. Il marquerait ainsi un frein au développement de l'Open Source au sein des administrations de Défense au regard des récents contrats passés entre la DGA (Direction Générale de l'Armement) avec Linagora ou la solution Alfresco pour le système d'information documentaire de l'Armée de l'air.

L'AFUL insiste également sur la création d'un Centre de Compétence Microsoft (CCMS) situé dans les locaux de la DIRISI au Fort de Bicêtre, qui est composé d'ingénieurs de l'éditeur et de personnels du Ministère de la Défense. Cette forte intégration soulève des questionnements sur le fait qu'une société privée aura « une vision exhaustive de l'architecture et de la situation géographique des différents organismes de notre défense, un accès complet aux différents systèmes d'information et à l'administration des données y transitant ». La lettre se termine par des interrogations sur l'indépendance informatique de la France dans son système d'information de défense. A ce jour, l'AFUL a obtenu très peu de réponses de la part des parlementaires sollicités. A l'heure de la publication de cet article, le Ministère de  la Défense n'avait pas encore répondu à notre invitation à s'exprimer sur les différents sujets de cette lettre.