Par ailleurs, Microsoft Office 2007 a été conçu autour et pour le seul format Open XML. D'où les craintes de l'adoption d'ODF comme format unique. Ce choix exclusif aurait pu donner un coup fatal à la suite bureautique d'Office 2007, et mettre à mal la domination de Microsoft. L'éditeur aurait donc remis aux dirigeants français une note de six pages sur le Référentiel Général d'Interopérabilité. Il en aurait résulté un retard volontaire de la publication du RGI, pourtant prêt à être appliqué, ainsi que l'intégration d'Office OpenXML dans le RGI, une fois la normalisation ISO de ce format obtenue. C'est cette note qui serait parvenue à la rédaction de CIO. Microsoft y liste les raisons pour lesquelles le choix unique d'ODF serait néfaste pour les administrations et bafouerait « le respect de l'égalité de traitement ».