L'application messagerie chiffrée Threema aurait été, selon un article de la Sonntagszeitung, utilisée par les terroristes pour préparer les attentats de Paris. L'hebdomadaire alémanique cite les recherches de The Middle East Media Research Institute qui montrent que cette application est recommandée par les djihadistes pour sa sûreté. L'article explique aussi que les autorités, notamment la FedPol, se sont tournées vers la start-up pour qu'elle leur transmette les clés de chiffrement de son service.
La start-up s'est rapidement saisie des réseaux sociaux pour démentir ces informations. Sur Twitter, elle a précisé que l'article était sans fondement. Elle a également publié un communiqué pour contester ces allégations. Dans sa réponse Threema insiste sur trois points. D'abord, l'absence de preuve de l'emploi du service pour préparer les attentats. Ensuite, le fait que les manuels mentionnés (dont l'origine et la pertinence ne sont pas clairs) recommandent des dizaines d'autres outils, dont Swisscom IO, Telegram, Surespot, Signal, iMessage ou FaceTime. Enfin, Threema signale que ni l'Office fédéral de la police (fedpol), ni le Service de renseignement de la Confédération (SRC) suisse n'ont demandé la publication des données ou des clés.
Depuis les attentats de Paris, les solutions chiffrées de communication font l'objet de toutes les critiques. Plusieurs sénateurs américains estiment que le chiffrement des données rend plus difficile la traque des terroristes. Ils se demandent si les intérêts de sécurité publique ne devraient pas primer sur le droit à la vie privée. Le service Telegram, utilisé pour revendiquer les attentats de Paris, fait l'objet de toutes les attentions. Ses responsables disent avoir été contrariés d'apprendre que ses services étaient utilisés par des terroristes pour répandre leur propagande. Ils ont d'ailleurs suspendu 78 chaînes publiques affiliées à Daesh.