IBM a beau se prévaloir de son implication dans l'Open Source, pour le calcul haute performance (HPC), la société n'accorde plus une confiance indivisible à Linux. Ni même à son Unix maison. En effet, pour convaincre les entreprises d'intégrer des supercalculateurs dans leurs salles de serveur, Big Blue - comme HP avant lui - a préféré s'allier avec Microsoft. Pour cela, le groupe a modifié son système existant (l'IBM Cluster 1350) pour y intégrer Windows Computing Cluster Server (CCS) 2003, le multicoeur des BladeCenter les serveurs System x, et enfin de nouvelles options de stockage et de connexions au réseau. Ce choix est motivé par la volonté d'IBM de conquérir de nouveaux clients pour ses grappes de calculs dans l'industrie de la finance. Et donc de leur proposer une interface plus familière avec le logiciel de Microsoft. Selon Wendy McGee, directrice System X chez IBM : « Le Nasdaq et la bourse de New York vont avoir besoin d'infrastructures, de solutions créées pour faire des calculs extrêmement intensifs. » Pour les utilisateurs qui préfèrent Linux, l'IBM Cluster 1350 est aussi disponible avec Novell SuSE Linux Enterprise Server 10. La configuration allant de deux à plusieurs milliers de serveurs dans une même grappe, le prix varie suivant les produits choisis.