HP pense avoir été trompée par l'éditeur britannique : elle l'accuse d'avoir gonflé ses résultats avant le rachat d'Autonomy en octobre 2011, pour 10,3 milliards de dollars. La justice américaine vient d'ouvrir une enquête sur cette acquisition. Du fait de ces irrégularités comptables supposées, HP a déprécié la valeur d'Autonomy de 8,8 milliards de dollars et a estimé que 5 milliards de dollars de pertes étaient liés à la fraude comptable présumée. Mike Lynch, l'ancien PDG et fondateur de l'entreprise, a fermement dénoncé les allégations de HP. Celui-ci a même ouvert un site web AutonomyAccounts.org pour faire connaître sa version des faits : selon lui, les preuves apportées par HP pour démontrer ces irrégularités sont insuffisantes. Reste que HP a vu ses revenus du secteur logiciels augmenter alors que les ventes d'autres secteurs, comme l'activité PC et serveur, ont chuté, ce qui rendrait la vente d'Autonomy moins probable.
HP a mis son sort entre les mains de l'ancienne CEO d'eBay, Meg Whitman, laquelle a succédé à Leo Apotheker, évincé après un court et tumultueux passage à la tête de l'entreprise. C'est lui qui avait mené l'acquisition d'Autonomy et qui avait proposé la scission de la division PC. Il a nié avoir eu connaissance des malversations comptables liées au rachat. Et d'après HP, le ministère américain de la Justice a d'ailleurs commencé ses investigations sur le sujet.