Le 1er septembre 2022, Emmanuelle Mougin rejoint la direction du numérique d'Île-de-France Mobilités, l'agence organisatrice des transports de la région parisienne, en tant que chef du département d'ingénierie digitale (CDO). À ce titre, elle sera directement rattachée à Hélène Brisset, nommée directrice du numérique d'IDF Mobilités en mars 2022. La direction du numérique a été créée dans un contexte de transformation de l'établissement public, en vue de répondre à des enjeux majeurs de mobilité interurbaine, dont la préparation des Jeux olympiques de Paris 2024 ainsi que la multiplication et la mise en concurrence des délégataires de transport. Le réseau géré par IDF Mobilités couvre aujourd'hui pas moins de 9,4 millions de déplacements quotidiens, pour un coût annuel dépassant 10,5 milliards d'euros. L'agence assure notamment la négociation des contrats avec les différents délégataires, ainsi que la création des titres de transport, dont le Navigo, et la tarification.
Les missions d'Emmanuelle Mougin viseront à sécuriser et faire progresser les actifs digitaux d'IDF Mobilités : plateformes Maas (mobilité-as-a-service), information aux voyageurs ou encore billettique intelligente. Précédemment, elle a occupé des fonctions de directrice conseil service public dans l'entreprise de services numériques (ESN) Inetum et chez l'éditeur SAP. Emmanuelle Mougin a également mené plusieurs missions de management de transition dans le secteur public. Elle a également été chargée de la transformation numérique à l'Agence de services et de paiement (ASP), directrice de la transformation et des processus à l'UGAP et responsable de domaine achat informatique et télécom au ministère de l'Économie et des Finances.