Venu du ministère de la Transition écologique, Christophe Boutonnet rejoint le ministère de l'Agriculture et de la Souveraineté alimentaire en tant que chef de service du numérique, en lieu et place d'Olivier Denais, parti au Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux. La DSI de ce ministère regroupe environ 170 personnes, réparties entre Paris et Toulouse. Selon la fiche de poste, les principaux enjeux du poste concernent « la transformation numérique du ministère, l'accroissement des besoins et exigences en matière de numérique, le renforcement de la souveraineté, la cybersécurité, l'évolution des métiers et l'adaptation des compétences ». Dans une publication LinkedIn, Christophe Boutonnet indique également que le ministère s'apprête à monter un incubateur de start-ups.

Polytechnicien et diplômé de Télécom Paris, Christophe Boutonnet a effectué toute sa carrière dans l'administration, dans différents ministères (Intérieur, Anciens combattants, Economie) et à la Préfecture de police de Paris. Il a récemment occupé le poste de DSI du Conseil d'Etat, avant de devenir, en 2019, le directeur adjoint du numérique du ministère de la Transition écologique.

Dans sa mission à l'Agriculture, il sera secondé par Thierry Deldicque, un ingénieur des ponts.