Un ancien journaliste de Techcrunh, Jason Kincaid a écrit un papier assassin sous le titre « Evernote, un éléphant rempli de bugs » (Evernote, the bug-ridden elephant). Il décrit différents problèmes rencontrés : enregistrement audio altéré, défaut de synchronisation, extensions pour les navigateurs défectueux et support client lent. Le rédacteur n'est pas un novice quant à l'usage l'application de prise de notes, revendiquant plus de 7 000 notes.

Le CEO d'Evernote, Phil Libin, a publié une réponse dans laquelle il indique qu'il pourrait ergoter sur certains points soulevés par Jason Kincaid, mais il souligne aussi que, de manière générale, il a raison. "Nous allons résoudre ces problèmes ». Le dirigeant rappelle que comme beaucoup de start-ups, l'accent a été mis sur la croissance et qu'elle a délaissé certains détails. Mais un effort a été fait depuis deux mois pour améliorer la qualité, explique Phil Libin.

En 2013, Evernote a proposé une refonte de son application pour iOS 7, qui « a connu des problèmes de stabilité qui a affecté de manière disproportionnée les utilisateurs sur le long terme », écrit Phil Libin. Les requêtes au support client ont chuté de 366 par jour au début novembre à 148 à la fin du mois de décembre. De prochaines versions d'Evernote seront publiées au cours des prochains mois, avec une meilleure conception et des améliorations promet le CEO. Les développeurs se concentreront sur l'édition de notes, la navigation, la recherche, la synchronisation et la collaboration. La start-up prévoit également de corriger un problème de métadonnées qui pourraient être envoyées au support dans les tickets d'incident et ainsi être une atteinte à la vie privée. Phil Libin explique qu'un message d'alerte sera diffusé avec les données envoyées au support et que certaines données pourront être supprimées avant l'envoi.