Désormais, avec la toute dernière version de Docker Enterprise Edition, il est possible de composer des clusters Docker avec des nœuds exécutant des systèmes d'exploitation différents. Ainsi, trois des principaux systèmes d'exploitation pris en charge par Docker - Windows, Linux et IBM System Z - peuvent faire tourner des applications côte à côte dans le même cluster et les orchestrer ensemble. Pour regrouper des applications de plusieurs systèmes d'exploitation dans Docker, il faut créer une image par OS pour chacune d'elles. Cependant celles tournant à la fois sous Windows et Linux peuvent être réunies pour s'exécuter de concert via le réseau dédié de Docker. De nouvelles API permettent également d'automatiser la configuration du cluster. 

Docker Enterprise Edition apporte aussi de la multi-location sécurisée. Parce que les conteneurs partagent le même noyau de système d'exploitation pour fonctionner, les utilisateurs se préoccupent depuis longtemps de la qualité de leur isolation. C’est pour répondre à ces préoccupations que Docker permet désormais de créer des contrôles d'accès basés sur les rôles (RBAC) pour la plupart des objets de l’environnement Docker. Des ressources - services, conteneurs, volumes, réseaux et objets binaires (ou secrets dans le glossaire Docker) - peuvent être également mises sous contrôle RBAC. Chaque API de Docker pourra contenir un ensemble d'autorisations associées. Les contrôles d'accès et les fonctions de gestion des autorisations disposent aussi de leurs propres API, ce qui permet de les automatiser avec d'autres produits. 

Il est possible de mettre en place d'autres politiques pour contrôler le déplacement des images Docker entre les référentiels d’un registre, notamment après le passage des tests de compilation et la mise en production. Il est également possible de verrouiller les référentiels, de façon à éviter des modifications ou des suppressions involontaires.